Chargements des données et librairies

Le BIOM a été créé dans le script01. Il est cependant brut

Etape de filtre sur l’abondance par échantillon et OTU

Somme de tous les reads et on applique un filtre de 10-5 afin de s’assurer que ce ne sont pas des artefacts Dans notre cas permet de filtrer les taxa avec des valeurs supérieures à 180 reads par OTU

Niveau d’abondance par échantillon

[1]   5042 240312
[1]   5003 239715
échantillon mean median min max
Biom 846 21339.08 5 0 2709474
Filter_Biom 846 21207.16 1092 181 2709474

Le niveau d’abondance semble hétérogène. Il faudra donc prévoir un procédé de rarefaction

Graphique d’abondance des échantillons

  • données complètes

  • données filtrées

Dorénavant nous ne travaillerons que sur données filtrées Ne sert à rien d’aller au niveau Phylum ou infra car trop d’échantillons donc aucune couleur n’est vissible Nous remarquons que le niveau d’abondance par échantillon est hétérogène de 25 000 en moyenne à 250 000.

J’avais fait des niveaux d’abondance par échantillon en fonction de différentes variables (sexe, satut tabagique…) mais ne sert à rien car ça équivaut à voir la profondeur et ce n’est pas biologiquement informatif donc enlevé.

Répartition des OTU par phylum

Var1 Freq
Actinobacteria 22
Bacteroidetes 223
Firmicutes 686
Fusobacteria 2
Proteobacteria 45
Synergistetes 9
Tenericutes 5
Verrucomicrobia 5

Visualisation de l’abondance

  • Abondance en fonction des taxa

  • Bar plot abondance

  • Abondance des firmicutes niveau famille au sein des échantillons

  • Abondance des firmicutes niveau des gènes au sein des échantillons Je ne vois pas l’interêt !!

  • Composition en Firmicutes au sein du groupe statut tabagique

  • Composition en Firmicutes au sein du groupe âge

* Composition en Firmicutes au sein du groupe sexe

Au vu des différents graphs, il y a une grande diversité et nous ne voyons pas de genre majoritaire quelque soit la variable. Pour l’ordre Clostrdiales est majoritaires quelque soit la variable prise (exemple ci dessous)

  • Composition en Firmicutes au sein du groupe âge

Je pense que les graphs suivants ne sont d’aucune utilité . J’ai fait les mêmes sur les femmes mais trop d’échantillons

Alpha-diversité

Graphique Covariable et test statistique

Exploration de l’impact de chaque covariable sur la diversité-alpha

Age diffère significativement en terme d’observation d’OTU

Mais également en terme de diversité en nombre d’espèce

Pas de différence signicative pour le nbre d’OTU mais différence significative pour le nbre d’espèces